色谱仪分离方法挑选的首要依据是样品的溶解度、化学构造和相对分子质量等。

 

溶解度

水溶性样品最好用离子交换色谱仪和液-液分配色谱仪剖析。微溶于水，但用酸或碱能很好电离的化合物，可用离子交换色谱仪剖析。油溶性和非极性的样品，可用液固吸附色谱仪剖析。

 

化学构造

样品中含有离子型或可离子化的化合物，或者能与离子型化合物相互作用的化合物（如，配位体和有机螯合剂），可首要考虑用离子交换色谱仪剖析，但液-液分配色谱仪和凝胶色谱仪也能剖析。具有不同官能团的化合物、同系物，可用液-液分配色谱仪剖析。异构体可用液固吸附色谱仪剖析。高分子聚合物可用凝胶色谱仪剖析。