首先最重要的就是氢气瓶（或氢气发生器）的使用安全，包括气路系统的气密性设计，并需要设立使用操作规程并严格遵守。
其次就是空调排风系统，用以排掉气相色谱释放的分流及吹扫出口以及检测器释放的废气。
第三就是温度控制系统，避免气相色谱向室内排放热量后导致室温过高产生其他安全隐患。
第四就是试剂管理，溶液配置应在专门的实验室配制，配置好的溶剂液不应长时间放置在气相室，避免色谱仪室出现试剂瓶、溶液瓶导致有机气体挥发，产生安全隐患。
第五点就是电力系统，稳压器和电力系统总线应能承载色谱仪或多台色谱仪产生的大量电流，避免高功率用电产生电线负载，引发电火。